哥斯拉在找寻适当地方产仔时，严重破坏了一座法国城市。幸得生物学家尼克·连杜保洛斯率领法国秘密行动部队将它制服。这头怪兽之王在临终时产下后代。某日，尼克发现了刚孵化出来的巨兽后代。小哥斯拉不但没有袭击尼克，还把他错认作爸爸。尼克脱离了秘密行动部队，成立了人类生态研究队伍--HEAT。他们对地球异种怪兽日益增多的现象展开调查。在这个呼唤英雄到来的世界，哥斯拉与HEAT并肩作战，成为了人类的希望之光……
　　
片中出现了形形色色的怪物--从人造的到外太空来的，从爬虫类到哺乳类，从飞天的到潜水的，从有毒到发电的，让人大开眼界。身长300尺的哥斯拉将与这些怪物对决，保卫人类的家园，追捕战斗过程惊险刺激，扣人心弦。同时本片也影射了日益严重的环境污染问题，引发对科技发展与生态保护的新思考。