小智为了要成为一流的小魔怪指导员，而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其他人晚了一步。好不容易从博士那里领来没人要的“皮卡丘”，谁知“皮卡丘”却难以照料又特别因执。就在前往下一站特基瓦城的途中，他们遇上了麻烦！“皮卡丘”被野生小魔怪突袭，危在旦夕……成功是必须靠团队的努力与默契……就这样，小智与“皮卡丘”就此展开他们艰辛的冒险旅程……